方舟手游中繁殖后代的主要缺点如下：

孵化条件苛刻

卵只能在水中孵化，例如鱿鱼和青蛙。

孵化需要适合的温度，过热或过冷都会导致蛋的生命值减少并停止孵化。

孵化时间是游戏时间，无法通过睡觉或其他手段加速。

孵化周期长

不同的蛋孵化时间不同，时间长短与蛋的大小成正比。例如，渡渡鸟蛋几分钟就能孵化，而南巨蛋则需要长达五个小时的孵化时间。

资源消耗

繁殖后代需要消耗一定的资源，如饲料蛋和受精蛋。虽然受精蛋的孵化条件较为特殊，但仍然需要玩家投入时间和精力来获取和孵化。

成功率不确定

繁殖后代并不保证每次都能成功孵化出后代，存在一定的失败风险。

综上所述，方舟手游中繁殖后代的主要缺点包括孵化条件苛刻、孵化周期长、资源消耗大以及成功率不确定。玩家在进行繁殖时需要充分考虑这些因素，并做好相应的准备。