手游《火影忍者》中木叶村被毁灭的原因主要有以下几种：

长门的“神罗天征”：

长门在动漫中为了收集九尾，选择进攻木叶。在进攻木叶的过程中，他使用了“神罗天征”这一招，将木叶村毁灭了百分之九十以上。尽管木叶村的忍者在纲手的保护下活了下来，但长门如果还有查克拉，再次使用“神罗天征”的话，木叶村基本上就会消失。

佩恩的“心累!添塞!”：

在动漫中，佩恩作为晓组织的首领，进攻木叶捕猎九尾。但实际上，他抓捕九尾只是一个幌子，真正的原因是因为他买了一袋米，并辛苦地扛到了二楼。回到木叶后，佩恩直接飞到了高空，双手举天，并大喊“心累!添塞!”，从而导致木叶被彻底毁灭。

大蛇丸的复仇：

大蛇丸是火影中首个提出毁灭木叶的忍者。他的理由是因为当年在木叶进行人体实验时，被三代火影驱逐出村。大蛇丸并不恨三代驱逐他，但他恨三代不理解自己追求永生和探索真理的行为，认为自己是正确的道路。因此，他策划了毁灭木叶的举动，通过打败三代向他说明这一点。

大筒木一式与川木的冲突：

在《博人传》中，大筒木一式绝对会夺取川木，而鸣人与佐助绝对不会袖手旁观，他们肯定会以死相搏。然而，鸣人和佐助绝对打不过大筒木一式，所以木叶村最终会被毁灭。从博人传第一集来看，那时的博人已经长大，暗示木叶村从这一刻起已经被毁灭了长达5到10年之久。

这些原因共同构成了手游《火影忍者》中木叶村被毁灭的背景和情节。