《FGO》手游的剧情是围绕 “圣杯战争”展开的，故事涉及多个不同的时代和圣杯。玩家需要参与各个章节的故事，进行对战。游戏背景设定在多个不同的时代和地点，包括现代的日本、中世纪欧洲的耶路撒冷、以及异闻带等。剧情原案由Fate之父奈须蘑菇亲自执笔，长达100万字的小说级故事线揭露了多重背景设定，构筑了一个宏大而复杂的世界观。

具体剧情内容包括：

序章：

介绍了迦勒底这个机构的来历，主要出场人员，以及最终目的——打倒雷夫背后的操作者，阻止人类历史的毁灭。

第六章：

主角们来到了十三世纪的耶路撒冷，面对被神灵化的狮子王阿尔托莉雅创建的卡梅洛城，以及被选中者与被抛弃者的悲剧。

2.1版本：

迦勒底被神秘从者袭击，主角与玛修在达芬奇与福尔摩斯的保护下逃离，进入虚数世界进行潜航，最终打败异闻带之王雷帝，修正了人理。

此外，游戏还涉及到其他多个特异点和异闻带，每个特异点和异闻带都有其独特的背景和故事线。整体剧情充满了冒险、战斗和角色成长，同时也探讨了人性、历史和命运等深刻主题。