企业申请软件退税的流程如下：

准备相关证明材料

销售合同：提供软件产品的销售合同副本。

发票：提供销售软件产品的增值税发票原件或复印件。

软件产品备案证明：包括软件著作权登记证书或软件产品备案登记证书的原件或复印件。

其他材料：根据当地税务机关的要求，可能还需要提供其他辅助材料，如研发费用明细、员工花名册等。

登录电子口岸网站提交申请

企业需要登录电子口岸网站，提交软件出口退税申请。

填写退税申请表

审核通过后，企业需要填写退税申请表，并附上之前准备的相关文件，如销售合同、发票、软件产品备案证明等。

提交至税务部门

将填写好的退税申请表和相关材料提交至当地所在区县的税务部门。

等待审核

税务部门收到申请后，会进行资料审核和实地核查。审核通过后，会向企业发放退税凭证，并按照退税金额将相应的税款退还给企业。

注意事项

企业在申请软件退税时，必须确保所有提交的材料真实、完整、有效。

需要在国家规定的时限内完成退税申请，否则可能会影响退税进度。

在等待审核和退税期间，企业应与税务机关保持联系，及时了解审核进度和退税情况。

通过以上步骤，企业可以顺利完成软件退税的申请，从而减轻税务负担。建议在申请过程中，与当地税务机关保持密切沟通，确保所有步骤和材料符合要求。