软件公司的收费方式多种多样，主要根据服务内容、项目复杂度、技术要求等因素来确定。以下是一些常见的收费方式：

项目制收费：

在项目开始前，开发公司与客户就项目的具体需求、功能、设计、开发周期等达成一致，并预估出整个项目的费用。这种方式适用于需求明确、范围清晰的项目，但缺乏灵活性，需求变更成本高。

按小时收费：

客户为实际花费的时间支付费用，这种方式灵活高、适应变化，但费用不确定、成本难以控制。

按功能模块收费：

客户为实际开发的功能模块支付费用，这种方式基于项目功能，但可能难以准确估算模块间的相互关联性。

固定费用收费：

在项目开始前确定一个总价，适用于需求明确、范围清晰的项目。这种方式使客户能够在预算内进行规划，但灵活性不足。

维护和升级费用：

包括软件升级、系统维护等后期服务，也会产生一定的费用。

软件许可费用：

企业向用户收取软件使用权的费用，可以根据用户规模、功能等级别不同设定不同的价格。

订阅模式：

用户按月或按年支付一定费用，以获取软件的使用权，并享受后续的升级和维护服务。

增值服务：

提供定制开发、培训、咨询等增值服务，以满足用户个性化需求。

广告收入：

对于免费提供的应用，通过向广告商提供广告位来获取广告收入。

数据服务费用：

向用户收取数据存储、分析和处理等相关服务的费用。

云服务费用：

提供基于云的服务，收取用户的云服务费用。

授权费用：

向用户授予特定的使用权或访问权限来获取费用。

硬件销售：

销售与软件配套的硬件设备。

按项目阶段的分期付款：

在项目的不同阶段完成后进行付款，提供了更好的资金流动性和风险控制。

基于成果的费用：

根据项目最终成果来收取费用。

具体的收费标准还需考虑以下几点：

项目定制化程度：针对客户的特殊需求进行的定制化开发，收费会相对较高。

技术难度：涉及复杂技术实现的项目，收费会相应增加。

后期服务：包括软件升级、系统维护等后期服务，也会产生一定的费用。

建议软件公司在制定收费标准时，综合考虑以上因素，并与客户进行充分沟通，确保收费透明、合理，同时也能保障项目的顺利进行和客户的满意度。