软件侵权纠纷的认定需要综合考虑多个因素，包括行为人的主观故意、客观行为以及行为对著作权人权益的实际损害。以下是认定软件侵权的主要步骤和标准：

主观故意：

行为人必须具备侵权的故意，即明知自己的行为会侵犯软件著作权人的权利，仍然实施该行为。

客观行为：

行为人必须实施了未经著作权人许可的行为，如未经允许发表、使用、复制或分发软件作品。这些行为可能包括但不限于：

未经许可将软件作品公开发表或进行注册。

将他人的软件作品当作己有进行发表或注册。

在他人软件作品上署上自己的名字。

歪曲或篡改他人作品。

剽窃他人作品。

实质性相似加接触分析法：

这是一种常用的软件侵权认定方法，通过比较原被告双方的软件，从代码、深层逻辑设计和用户界面等方面分析是否存在实质性相似，并考察被告是否接触过原告的软件。

源代码比对：

虽然不是所有情况下都是必备条件，但源代码比对是判断计算机软件著作权侵权的重要环节。当无法进行源代码比对时，可以通过比较操作界面、人物形象、故事情节等基本一致性和其他相关事实来推定侵权。

权利边界及独创性：

在认定软件侵权时，还需要明确软件作品的独创性边界，确保侵权判定不侵犯合法授权的创作自由。

举证责任分配：

在侵权纠纷中，通常需要确定由哪一方承担举证责任，例如证明侵权行为或其损失。

赔偿数额的确定：

在认定侵权行为后，需要根据《中华人民共和国著作权法》及相关司法解释确定赔偿数额，可能包括实际损失、侵权获利、法定赔偿或惩罚性赔偿。

其他考量因素：

如软件是否属于著作权法保护的作品类型，是否存在权利用尽（合法来源）等情况。

综合以上各点，软件侵权纠纷的认定是一个复杂的过程，需要法律专业人士和司法机构根据具体案件事实和相关法律规定进行细致分析和判断。建议在遇到软件侵权纠纷时，寻求专业法律意见以确保合法权益得到有效保护。