硬件嵌入软件的开票方式主要有以下两种：

分别列明软件和硬件部分的销售额

在发票的“货物栏”中，明确区分嵌入式产品中的软件部分和硬件部分，分别列出各自的销售额。这种方式可以更清晰地显示出软件的实际销售额，便于税务机关审核。

开票要求：

在发票的“货物栏”中列出“软件销售额”和“硬件销售额”。

软件部分的销售额需与登记证书中所记录的内容一致，确保税务合规。

在货物栏注明整体产品名称，备注栏标注软件名称及销售额

如果不想在货物栏中单独列明软件和硬件销售额，也可以选择将嵌入式软件产品作为一个整体开票，并在“货物栏”中填写整体产品名称。在“备注栏”中注明软件的具体名称及其销售额，确保发票能明确区分嵌入式软件的部分。

开票要求：

在发票“货物栏”中填写整体产品名称。

在“备注栏”注明软件产品的名称及相应销售额。对于销售的模块或子系统，也应标注相应的软件名称及版本号，并与登记证书中记录的名称保持一致。

注意事项：

发票开具时，软件名称及版本号必须与软件登记证书中的信息完全一致。

如使用缩写或简化名称，必须在“备注栏”中注明软件产品的全称，一个产品仅能使用一个固定的缩写。

其他相关规定：

按照100号文的规定，嵌入式软件产品的销售额是，先确定计算机硬件和机器设备部分的销售额后，反向推算得出。分别计算软件和硬件的销售额、进项税额、应纳税额。

税务机关通常要求在发票相关栏目中注明所含的软件产品名称及版本号，并且软件产品的名称必须与《计算机软件著作权登记证书》、《软件产品登记证书》上的名称一致。且要与《嵌入式软件产品增值税即征即退申请审核表》上的名称完全一致。

对随同计算机网络、计算机硬件、机器设备等一并销售的软件产品，销售时能够单独开具开票的，软件收入和硬件收入各自单独开具列示发票。

根据以上信息，硬件嵌入软件的开票方式可以根据实际情况选择，但必须确保软件名称及版本号与登记证书中的信息一致，并在发票中明确区分软件和硬件部分的销售额。