软件外包公司发放工资的方式主要 取决于外包形式和合作模式，以下是一些主要的发放方式：

由劳务派遣公司发放

外包员工的工资由劳务派遣公司与用工单位协商确定，但应遵循同工同酬的原则。

由用工企业直接支付给外包公司

用工企业将薪酬支付给外包公司，再由外包公司发放给员工。这种方式下，员工与外包公司签订劳动合同，人事关系归属于外包公司。

通过第三方支付机构代付

企业将薪酬支付给第三方支付机构，由该机构代付给外包员工。

通过灵活用工平台代发

企业与灵活用工平台签订服务协议，将薪酬发放业务分包给平台处理。平台负责将薪酬发放至个人手中，并确保业务真实性。

外包单位自行核算并发放

外包单位根据员工每月的实际出勤情况进行核算和发放，并依法代扣代缴个人所得税。

建议

选择合适的发放方式：根据企业的实际需求和外包员工的规模选择最合适的发放方式，确保薪酬发放的合规性和高效性。

注意法律合规：无论采用哪种方式，都应确保遵守相关法律法规，如《中华人民共和国劳动合同法》和《工资支付暂行规定》，以保护员工的合法权益。

考虑税务和财务影响：在选择发放方式时，要综合考虑税务和财务方面的影响，确保合法合规地进行工资发放和税务处理。