要有效控制虚拟打卡软件，企业可以采取以下措施：

使用专业的安全软件

利用安全软件如“安全管家”进行监控，这些软件能够检测并拦截虚拟定位类的软件，防止员工进行虚假打卡。

设置企业微信打卡规则

在企业微信中设置打卡规则，比如固定打卡时间、打卡距离限制等，以此来杜绝非工作时间虚拟打卡和迟到早退的行为。

利用设备管理功能

通过设备管理功能，如AirDroid，远程控制员工的手机进行打卡，这样可以确保打卡的真实性和位置信息的准确性。

开启恶意软件拦截

在钉钉等应用中开启恶意软件拦截功能，当检测到虚拟定位软件使用时，将其拦截并上报给管理员。

定期审计打卡记录

定期检查员工的打卡记录，对于异常的打卡时间和地点，及时进行调查和处理。

加强员工教育

对员工进行诚信教育，强调虚拟打卡的严重性，并提醒他们遵守公司的考勤制度。

通过上述措施，企业可以有效地控制虚拟打卡软件的使用，确保考勤的公正性和真实性。同时，企业也应该注意保护员工的隐私，避免过度监控，以免引起员工的反感。