软件企业进项税抵扣的操作步骤如下：

核对发票信息

确认发票号码、开票日期、销售方名称、纳税人识别号、购买方名称、纳税人识别号、商品名称、规格型号、数量、单价、税率、税额等信息无误。

录入会计系统

将发票信息录入企业的会计系统中。

进项税额抵扣

在会计系统中选择“进项税额抵扣”功能，填写相关信息，包括税额、税率、抵扣金额等。

生成抵扣凭证

生成相关的进项税抵扣凭证，并在会计账簿中记录相关的会计分录。

注意事项

软件产品的抵扣进项税额不能超过软件产品的实际购买金额。

对于无法准确划分的进项税额，需按照公式计算即征即退的增值税进项税额。

与软件产品开发相关的进项税可以抵扣软件部分即征即退，但像硬件的进项税不能用来抵扣即征即退部分。

嵌入式软件开发采购开发工具和设备所产生的进项税额可以合理抵扣。

企业在运营过程中采购的办公用品、办公设备等日常物资中包含的增值税依旧可以作为进项税额进行抵扣。

租赁办公场所和设备所包含的增值税也可以作为进项税额进行抵扣。

组织员工培训或者聘请专业咨询服务产生的员工培训与专业服务的进项税额也可抵扣。

申报纳税

在税务系统中提交报表，进行进项税抵扣申报。

通过以上步骤，软件企业可以有效地进行进项税抵扣，从而减少应纳税额，提高企业的经济效益。建议企业建立完善的财务管理制度和税务管理规范，确保每一笔费用的发生都能得到及时、准确的记录和分类，以便顺利进行进项税抵扣。