当软件商标被侵权时，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
证据收集
对侵权产品进行拍照、录像，记录其外观、包装、标识等特征。
收集与侵权行为相关的销售记录、发票、合同等文件。
必要时，对证据进行公证，并深入了解对方的产品销售情况。
协商解决
商标注册人可以自行或者委托代理人与对方当事人协商解决。
要求侵权人立即停止侵权行为、销毁侵权商标标识等。
如果双方难以达成一致，可以寻求专业调解组织、行业协会第三方进行调解。
行政途径
向工商行政管理机关提出请求，请求其对侵权案件进行查处。
工商行政管理机关对尚未构成犯罪的侵权案件作出行政处理，对涉嫌构成犯罪的侵权案件移送司法机关追究侵权人的刑事责任。
司法诉讼
商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉。
通过审判程序，维护商标专用权人的合法权益，要求对方停止侵权行为、赔偿损失。
海关保护
商标注册人及其代理人通过向海关申请知识产权保护备案后，发现侵权嫌疑商品即将进出境的，可以向该批商品进出境地的海关申请采取保护措施。
核实情况
认真查看对方的起诉书及相关证据，确认自身是否确实存在侵权行为。
检查自己使用的商标与对方商标在文字、图形、读音、含义等方面的相似度，以及使用的商品或服务类别是否相同或近似。
收集证据
如果认为自己没有侵权，要积极收集能够证明自身使用商标合法性的证据，如商标的注册证明、在先使用的证据、合法来源的证据等。
停止侵权行为
一旦确认存在侵权行为，应立即停止使用被诉侵权的商标，避免造成更大的损失和法律责任。
考虑和解
在某些情况下，与对方进行和解谈判可能是较为合适的解决方式。和解可以节省诉讼成本和时间，避免不确定的诉讼结果。
积极应诉
如果无法和解或认为自己不应承担侵权责任，要积极准备应诉，按时提交答辩状和证据，按照法院的要求参加庭审，在法庭上充分阐述自己的观点和证据，维护自己的合法权益。
通过以上措施，可以有效地维护软件商标的合法权益。在维权过程中，及时、有效地采取措施，以最大程度地保护自己的商标权益。
