使用软件构建质粒文件的步骤如下：

选择合适的软件

常用的基因编辑和质粒构建软件包括SnapGene、Vector NTI、InDraw等。

获取目的片段

从NCBI等数据库获取目的基因的CDS区，并通过软件进行引物设计。

打开软件并创建新项目

打开选定的软件，如SnapGene，创建一个新的DNA文件。

编辑载体序列

在软件中打开载体序列，找到酶切位点，并进行必要的编辑，如添加限制性酶切位点。

添加目的片段

将设计好的目的片段添加到载体序列中，并进行序列比对和验证。

设计引物

根据目的片段的两端序列设计PCR引物，并进行优化。

构建质粒

使用软件提供的工具进行质粒构建，包括酶切、连接等步骤。

验证构建结果

对构建好的质粒进行测序验证，确保序列正确无误。

保存和导出文件

将构建好的质粒序列保存为DNA文件，以便后续使用。

进一步分析和验证

使用软件进行质粒图谱构建、酶切位点分析等，确保质粒构建的成功。

通过以上步骤，你可以使用软件构建出所需的质粒文件。建议在构建过程中仔细检查每一步骤，确保准确无误，以提高构建成功率。