利用软件进行酶改造主要涉及以下几种方法：

Rosetta软件

蛋白结构分析和预测：Rosetta软件广泛应用于蛋白结构分析和预测，包括蛋白稳定性分析、相互作用界面分析、蛋白配体对接以及结构优化等。

酶设计过程：Rosetta在酶设计过程中包括序列设计、结构优化等步骤，并通过成功案例解析展示从理论到实践的完整应用流程。

AI辅助的酶改造：融合AI的酶改造与优化策略，包括机器学习酶改造、深度学习酶改造等，通过AI辅助技术提高酶改造的成功率和效率。

非理性设计改造酶

易错PCR：通过改变PCR反应条件来增加DNA聚合酶引入错误（突变）的概率，从而产生新的酶特性。

DNA重组：将一组有一定同源性的DNA序列切割成小片段，重新随机拼接成新的DNA序列，编码出具有新功能的酶。

定向进化

技术组合：结合液滴微流控分选和高通量自动化孔板筛选技术，实现酶的超大突变文库的快速筛选和功能验证。

技术平台：如ZymeEditor™平台，涵盖荧光激活微液滴分选技术（FADS）、微孔板筛选技术（MTPS）、噬菌体辅助连续进化技术（PACE）、分割自复制技术（CSR）与计算机辅助理性设计技术（CARD）等。

建议

选择合适的工具：根据具体需求和实验条件选择合适的软件工具，如Rosetta软件适合进行结构分析和设计，而AI辅助技术适合处理大规模数据和复杂计算。

结合实验数据：在酶改造过程中，结合实验数据进行验证和优化，以提高改造的成功率和实用性。

多技术结合：可以结合非理性设计和定向进化等多种方法，以获得更全面和高效的酶改造效果。