在小米Note3上合并应用程序的步骤如下：

1. 打开手机主屏幕，进入“应用程序”界面。

2. 按下手机左下角的菜单键，选择“编辑”选项。

3. 在编辑界面中，长按要合并的应用程序图标，不要松手。

4. 将该应用程序图标拖拽至想要合并到的另一个应用程序图标上，系统会自动新建一个文件夹，将两个应用放入其中。

建议您在合并应用程序时，确保目标文件夹是您希望存放的位置，以便更好地组织您的手机应用。