软件服务纳税方式如下：

增值税

一般纳税人：增值税税率为6%。企业需要根据销售额计算应纳增值税，并可通过收到的进项税票进行抵扣。

小规模纳税人：增值税征收率为3%。

应税收入：包括销售软件产品、提供软件开发服务、技术支持等所获得的收入。销售软件产品的收入不仅包括软件本身的价格，还应包括销售过程中发生的其他相关费用，如安装费、调试费等。

企业所得税

一般税率：企业年度利润超过一定额度（如500万元）时，需按25%的标准税率缴纳企业所得税。

优惠政策：

高新技术企业认定：若企业拥有核心自主知识产权，产品或服务属于规定范围，且符合相关认定标准，经认定后可享受15%的企业所得税优惠税率，同时研发费用还可加计扣除。

新创办软件企业：自获利年度起，可享受“两免三减半”的企业所得税优惠政策。

申报纳税

月度申报：每月15号之前需在网上或到税务局申报当月的增值税、企业所得税等。

年度汇算清缴：一年结束之后，要对全年的收入和支出进行汇总，并进行汇算清缴。

记账软件

使用记账软件如金蝶、用友等，可以轻松记录账目，并辅助完成网上申报和税费缴纳。

建议：

合理利用税收优惠政策：企业应根据自身情况，积极申请高新技术企业认定和新创办软件企业的税收优惠政策，以降低税负。

确保合规申报：企业需严格按照税法规定计算和申报增值税和企业所得税，确保税务合规，避免因税务问题带来的风险。

选择合适的记账软件：使用记账软件可以简化账目记录和申报流程，提高工作效率。