要清除卧底软件，可以采取以下几种方法：

使用专业的反病毒软件

Trojan Remover：这是一款专门用来清除特洛伊木马并自动修复系统文件的软件。运行程序后，选择“Scan A Drive or Directory”按钮进行全面扫描，勾选“Include Subdirectories”以包括子目录，并设置需要扫描的文件类型。扫描到木马后，Trojan Remover会弹出警告窗口并删除相关的设置更改，阻止木马重新启动。对于常驻内存的木马，Trojan Remover会重新启动机器以停止木马执行并保护系统。

反病毒软件：大多数反病毒软件（如金山毒霸）都带有系统漏洞扫描和间谍软件清除功能。升级到最新版本后，运行系统漏洞扫描程序，检测并修复系统中的漏洞和安全隐患。同时，使用反病毒软件中的间谍软件清除工具（如Spy Sweeper）进行全面扫描，标记并删除发现的间谍软件和痕迹。

使用手机卫士或类似工具

如果卧底软件是安装在手机上的，可以使用手机卫士或类似的病毒查杀工具进行清除。这些工具通常能够检测和清除手机中的恶意软件，包括卧底软件。如果常规的病毒查杀工具无法清除病毒，建议尝试使用手机卫士提供的深度扫描和修复功能。

手动清除

如果以上方法都无法清除卧底软件，可以尝试手动清除。首先，备份重要数据以防万一。然后，根据卧底软件的安装路径和文件特征，手动删除相关的文件和注册表项。这需要一定的技术知识，建议在执行前仔细了解相关操作，以免误删重要数据。

系统还原

如果卧底软件是最近安装的，并且对系统造成了严重损害，可以考虑使用系统还原功能。将系统还原到安装卧底软件之前的状态，可以清除所有相关的恶意文件和设置更改。

建议：

在清除卧底软件之前，最好先备份重要数据，以防万一。

尽量选择知名度高、用户评价好的反病毒软件和工具，以确保清除效果和系统安全。

如果不确定如何操作，建议寻求专业人士的帮助。