在软件中画瞳孔并上色，可以遵循以下步骤：

读取线稿

将图片导入到作画软件中。

使用钢笔工具或魔棒工具沿着瞳孔边缘画出路径，并转换为选区。

对选区进行羽化处理，使其边缘更自然。

创建上色用的图层

在线稿图层下方新建一个图层，用于打底色。

使用笔刷工具将瞳孔全部涂满，底色不需要考虑颜色的浓淡，溢出的地方可以通过橡皮擦工具擦除。

在瞳孔中添加浓淡

在上一步的图层上新建一个图层，使用铅笔与笔刷进行分类后使用。

使用比底色更浓的颜色勾勒出瞳孔轮廓的内色。

对瞳孔的上面进行上色，然后再使用笔刷模糊中间。

在瞳孔的中央，使用铅笔工具画出虹彩。

使用笔刷进行颜色的重叠，使瞳孔的上部和脸的线画颜色中间的境界不那么显眼。

为瞳孔增加眼神

在最下方的底色图层中，将底色图层的一部分变得稍微明亮一些，以增加浓淡差异。

使用比较图上比底色稍微明亮的颜色，避免使用过于明亮的颜色，以免显得不自然。

追加高光·收尾

高光是增加角色生气和表情的重要步骤。

在瞳孔中央或下方添加高光，使用较亮的颜色，使瞳孔看起来更生动。

打造立体感

添加光泽层，使用高斯模糊使瞳孔看起来像玻璃球一样有质感。

制作自然暗部，在瞳孔边缘轻轻涂抹深褐色，创造立体感。

添加环状光晕，使用比瞳孔稍大的画笔，颜色选比瞳孔稍大的颜色，增加光线的效果。

细节处理

使用画笔工具或喷枪强调眼睛的结构，如睫毛、眼睑等。

在瞳孔中适当添加一些高光和反光，使眼睛看起来更立体和生动。

通过以上步骤，你可以在软件中绘制出具有立体感和自然上色效果的瞳孔。记得在绘制过程中保持耐心，逐步细化每个部分，以达到最佳效果。