软件公司设置会计科目时，应以经营活动和会计准则为基础，并考虑产品更新、升级服务费用等特定项目。科目设置可以分为一般性科目和专项性科目。一般性科目包括资产类、负债类、共同类、成本类等，而专项性科目则根据企业自身实际情况设定，如销售费用、管理费用、财务费用、营业外支出等。在设置会计科目时，应注意以下几点：

细化科目：

根据软件企业的经营活动，细化科目以更完备地细分考虑企业的收支情况，使每一科目的收入与支出完整可清楚，便于分析具体情况。

考虑专项科目：

根据软件企业的经营模式，可设置开发支出科目、市场管理和营销费用科目，以及产品更新、升级服务费用科目等。

费用分摊：

应按照会计准则，综合考虑企业的实际情况，将费用合理分摊至各科目，使费用合理分类，更好地反映企业的经营状况及与外部的经济关系。

符合会计准则：

会计科目的设置只要不违反国家会计准则、制度、规范的，主要还是要结合企业管理的实际需要设置科目。

税务处理：

税的处理问题应与会计处理有所差别，例如增值税返还不属于不征税收入的范围内，但需要在增值税的科目设置上设立二级科目税金返还，并在企业所得税的征税收入中进行调整。

便于管理：

为了方便企业管理，可以设立二级专项会计科目，如单独设立技术开发费科目，以便加计扣除。

研发支出：

研发支出科目通常属于损益类科目，既可以计入费用，也可以是产品成本。在会计科目设置中，可以将研发支出设置在损益类或成本类下，具体归类应根据企业的会计政策和实际情况来决定。

综上所述，软件公司在设置会计科目时，应结合自身的经营特点和管理需求，细化并合理分类科目，以确保财务报表能够准确反映企业的财务状况和经营成果。同时，应遵循相关会计准则，确保会计处理的合规性。