运行软件可以通过多种方法来保护，以下是一些常见的保护措施：

加壳技术

加壳工具如压缩壳、加密壳、抽取壳和保护壳等，通过压缩、加密和代码抽取等手段，增加软件被反病毒软件检测和解密的难度。

代码混淆

包括静态混淆和动态保护，通过改变代码结构和逻辑，使得反病毒软件难以分析和识别代码，从而提高软件的安全性。

硬件保护

使用硬件设备如时钟狗，它提供了不可更改的硬件时钟和可掉电保持数据存储区，用于记录软件的使用期限，确保软件在授权期限内运行。

数字签名

使用数字签名确保程序的完整性和可信度，将程序与特定的开发者或组织关联起来，防止程序在传输和安装过程中被篡改。

应用程序白名单

通过设置应用程序白名单，限制系统上运行的程序，防止恶意软件或未经授权的程序运行。

安全沙箱

在隔离的环境中运行程序，防止程序对系统环境造成损害，并保护系统免受潜在的恶意软件攻击。

防火墙和杀毒软件

设置防火墙过滤非法访问和恶意攻击，安装并更新杀毒软件，定期扫描系统，确保软件和数据的安全。

数据备份与恢复

提供数据备份功能，定期备份用户数据，并确保备份数据的安全，同时具备灵活的数据恢复功能，以防止数据丢失和损坏。

用户身份认证

采用多种身份认证方式（如用户名密码、指纹识别、人脸识别等），确保只有合法用户才能访问软件和相关信息，特别对于涉及高敏感性信息的软件，可以考虑使用双重认证方式。

系统安全措施

定期更新操作系统补丁，安装杀毒软件和防病毒软件，避免恶意软件的侵入。

修改注册表

通过修改注册表来限制某些应用程序的运行，防止未经授权的软件启动。

使用组策略

对于Windows专业版及以上版本的用户，可以通过组策略限制某些程序的运行，增强系统安全性。

第三方安全管理工具

使用企业级终端安全管理工具，创建规则限制程序启动，监控程序使用情况，识别并阻止恶意软件或未授权软件的运行。

这些保护措施可以单独使用，也可以结合使用，以提高软件的整体安全性。建议根据软件的具体需求和运行环境，选择合适的保护方法。