软件项目的付款方式通常包括以下几种：

预付款：

在项目开始前，客户向开发团队支付的一部分款项，以确保开发团队能够开始工作。预付款的比例可以根据开发团队的实力和信誉决定，通常为合同金额的一部分。

阶段付款：

根据项目的阶段性进展，客户分批支付款项。每个阶段的工作内容和完成标准需要明确，只有达到约定的阶段性目标后，开发团队才能获得相应的付款。

最终付款：

当开发团队完成整个项目并满足合同中规定的所有要求时，客户需要支付最后一笔款项。最终付款的支付方式可以根据实际情况而定，比如一次性支付或者分期支付。

里程碑付款：

在项目开发过程中，设定一些关键里程碑，每个里程碑达到后，客户支付相应的款项。这种方式有助于确保项目按计划进行，并确保支付的金额与完成的工作量相匹配。

直接付款：

根据业务单据中的付款金额填写付款申请单，付款申请单审核通过后，填写付款单进行支付。这种方式适用于一些简单的工程项目。

建议

明确合同条款：在签订合同时，应明确各项付款方式的具体细节，包括付款比例、时间节点、验收标准等，以减少后期纠纷。

选择合适的付款方式：根据项目的规模、复杂度和双方的需求，选择适合的付款方式，以确保项目顺利进行并控制成本。

加强沟通与监控：在项目执行过程中，保持与开发团队的沟通，及时监控项目进度，确保按合同要求完成各阶段的工作，以便按时支付相应款项。