GPL软件通过以下方式保护：

确保软件自始至终都以开放源代码形式发布

GPL协议要求任何使用了受GPL协议保护的第三方软件的源程序，并向非开发人员发布时，软件本身也就自动成为受GPL保护并且约束的实体。这意味着，此时它必须开放源代码。

版权保护

GPL给软件以版权保护，确保软件作者对其创作的软件拥有版权。同时，GPL提供许可证，授予用户复制、发布和修改软件的法律许可。

自动许可机制

根据GPL第十条的规定，当受保护作品被传递时，接收者将自动从原始授权方获得一个许可证，允许他们按照本许可证的条款运行、修改和传播该作品。这样即使在多层分发的情况下，也能保持软件的开放性。

禁止闭源使用

GPL开源协议限制闭源，要求对GPL开源软件的修改和创建衍生作品的必须向公众开源。这阻止了使用者将GPL开源软件用于闭源目的，也阻却了作者将已开源软件转为闭源。

权利授予的不可撤销性

GPL基本许可条款明确规定，作者授予的权利在程序版权有效期内均有效，并且在满足规定条件的情况下不可撤销。这确保了开源权利的长期性和稳定性。

专利许可

GPL第十一条规定，每个贡献者都授予使用者一个非独占、全球性、免版税的专利许可，允许使用者在贡献版本的基础上进行制作、使用、销售、修改、传播等。这避免了专利许可的限制影响到作品的自由使用。

法律责任追究

对于非正当手段获取包含GPL协议软件源代码的行为，可以追究其法律责任。这确保了开源软件源代码的合法传播和使用。

通过这些措施，GPL协议有效地保护了开源软件的自由和开放性，确保了开发者和用户的权益，并促进了软件的快速发展和创新。