软件企业退税的流程如下：

税务登记与资质获取

确保企业已按照国家规定完成税务登记，并取得相关资质。

软件产品登记与认定

在软件产品开发完成后，及时向税务部门申请软件产品登记和认定。

销售收入核算与凭证保留

按照税法规定，将符合条件的软件销售收入进行会计核算，并保留相关凭证和资料。

退税申请提交

在年度所得税汇算清缴时，向税务部门提交退税申请，并提供必要的退税申请材料，如财务凭证、纳税申报表等。

税务机关审核

税务机关会对企业提交的材料进行审核，确认其符合退税政策要求。

填写退税申请表

审核通过后，企业需填写退税申请表，列明退税金额及其他相关信息。

税务机关复核

税务机关再次复核企业填写的退税申请表及相关材料。

办理退税

复核通过后，税务机关会将退税款项支付到企业指定账户。

备案与大厅退税

对于软件产品增值税即征即退备案，企业需准备相关资料到税务窗口办理备案手续。

在申报增值税后，企业需向税政科预约递交退税资料，并在资料受理完毕后办理退税申请。

注意事项

企业在申请退税时，应确保所有材料的齐全和准确，并按照税务机关的要求及时提交申请。

在等待审核和退税期间，企业应与税务机关保持联系，及时了解审核进度和退税情况。

通过以上步骤，软件企业可以有效地进行退税操作，减轻税务负担。建议企业在每个环节都严格按照税务机关的要求准备和提交材料，以确保退税过程的顺利进行。