软件服务企业在征税时，主要涉及以下税种和税率：

增值税

一般纳税人：适用13%或6%的税率。具体税率取决于企业是否享受某些优惠政策，例如，软件产品可能适用即征即退政策，退还比例通常为实际缴纳增值税额的70%左右。

小规模纳税人：适用3%的税率。

企业所得税

一般税率：25%。

优惠政策：

高新技术企业：15%。

小型微利企业：20%。

国家规划布局内重点软件企业：10%。

研发费用加计扣除：可以降低企业的应纳税所得额，通常可按实际发生额的175%在税前扣除。

个人所得税

员工工资和奖金：需要代扣代缴个人所得税。

其他税费

城市维护建设税：根据纳税人所在地的不同，税率可能为7%、5%或1%。

教育费附加和地方教育费附加：通常按照增值税的一定比例缴纳，例如教育费附加为3%，地方教育费附加为2%。

印花税：合同按金额的万分之三贴花。

缴税流程通常包括注册公司、选择纳税人类型、申报增值税、申报企业所得税以及享受税收优惠政策。企业在开具增值税发票时需要确保真实性和合法性，填写增值税申报表时要准确，并按时足额缴纳税款以避免滞纳金和罚款。

建议：

软件服务企业应根据自身的纳税人身份和享受的优惠政策，选择合适的税率进行申报和缴税。

企业应妥善保管相关财务和税务记录，以便在税务机关审查时能够提供准确的信息。

及时了解并申请各项税收优惠政策，以降低税负。