软件公司退税的流程如下：

税务登记与资质获取

确保企业已按照国家规定完成税务登记，并取得相关资质。

软件产品登记与认定

在软件产品开发完成后，及时向税务部门申请软件产品登记和认定。

销售收入核算与凭证保留

按照税法规定，将符合条件的软件销售收入进行会计核算，并保留相关凭证和资料。

增值税即征即退备案

准备以下资料到税务窗口办理“软件产品增值税即征即退资格备案”手续：

税务资格备案表

著作权行政管理部门颁发的《计算机软件著作权登记证书》

省级软件产业主管部门认可的软件检测机构出具的《软件产品检测报告》。

退税申请与资料准备

在年度所得税汇算清缴时，向税务部门申报退税，并提供必要的退税申请材料，包括：

《退税申请报告》

税政审批过的《退抵税申请审批表》

填有公司税号、银行名称、银行账号的清单等。

审核与退税

税务部门将对申请材料进行审核，包括验证产品登记、核查税负情况等。审核通过后，税务部门将核定应退税款，并将超税负3%的部分退还至企业账户。

线上申请与进度追踪

企业可以登录电子税务局，进入“退（抵）税管理”模块，填写“退（抵）税申请审批表”，选择“先征后退”退税方式，查询并勾选即征即退对应税票，录入申请退税金额，提交申请并收到受理回执单后，可查询退税进度。

退税到账与记录

退税到账后，企业应做好财务记录，并随时与税务部门保持沟通，确保退税流程的顺利进行。

建议：

及时准备材料：确保所有退税申请材料齐全、准确，避免因资料问题导致退税延迟。

关注政策变化：及时关注国家税收政策的变化，确保企业始终符合退税条件。

保持沟通：与税务部门保持良好的沟通，及时解决退税过程中出现的问题，确保退税款项顺利到账。