软件企业节税的方法主要包括以下几点：

认定高新技术企业

软件企业可以申请成为高新技术企业，享受15%的企业所得税优惠税率，而不是通常的25%。

利用研发费用加计扣除政策

软件企业可以将研发费用在实际发生额的基础上加计扣除，从而减少应纳税所得额。研发费用加计扣除的比例可以达到100%。

享受软件企业税收优惠

新创办的软件企业自获利年度起，可以享受“两免三减半”的企业所得税优惠政策，即前两年免征企业所得税，后三年减半征收。

对国家鼓励的重点软件企业，当年未享受免税优惠的，减按10%的税率征收企业所得税。

注册个体户或个独企业

在税收优惠园区设立个体户或个独企业，可以降低企业的所得税负担。个体户和个人独资企业可以享受核定征收，个税低至0.1%—1%，综合税率可控制在2.5%左右。

利用地方政府的税收奖励政策

在全国有特殊经济园区里，软件企业可以申请企业所得税和增值税的税收奖励。例如，增值税可奖励给企业留存部分的70-90%，企业所得税可奖励给企业留存部分的70-90%。

合理分配业务和设立子公司或分公司

将部分业务合理地划分到税收优惠园区的新公司，享受产业扶持奖励。例如，增值税和企业所得税地方留存部分的70-90%可以奖励给企业。

在有扶持政策的地区设立子公司或分公司，将部分业务分包过去，可享受相应税收优惠。

优化内部成本结构

减少无效成本的支出，提高企业效益。确保所有成本费用都有合法的票据凭证，如员工的工资奖金、差旅费等。

利用自然人代开

当企业和个人存在业务往来时，可以通过自然人代开解决缺失的发票，税率低至3%左右，并且不会计入汇算清缴，无需二次纳税。

通过以上策略，软件企业可以在合法合规的前提下，有效减轻税负，提高企业的竞争力和盈利能力。建议企业仔细研究并合理利用各项税收优惠政策，同时优化内部管理和成本控制，以实现最佳的节税效果。