在HMmer软件中设置阈值可以通过以下几种方式：

设定bit-score阈值

使用`-T`选项来设定bit-score阈值。例如，设定bit-score阈值为15的命令如下：

```

hmmsearch -T 15 ZAR1.hmm Hongyang_pep.fa > hmmer_bit.out

```

默认的bit-score阈值是10，表示每个搜索报告大约包含10个错误结果。

设定E-value阈值

使用`-E`选项来设定E-value阈值。例如，设定E-value阈值为0.0001的命令如下：

```

hmmsearch -E 0.0001 ZAR1.hmm Hongyang_pep.fa > hmmer_e.out

```

推荐的E-value阈值是1e-5。

设定domain E-value阈值

使用`--domE`选项来设定domain级别的E-value阈值。该参数和`-E`参数类似，不过是针对domain比对设定的值。

建议

根据具体的搜索需求和结果要求选择合适的阈值。例如，如果对错误结果的数量有严格要求，可以适当提高bit-score阈值。

对于E-value阈值，通常推荐设置为1e-5，因为这是一个较为严格的阈值，能够有效过滤掉大多数非特异性匹配。

如果需要针对domain进行比对，可以使用`--domE`选项来设定特定的domain E-value阈值。

通过这些设置，可以有效地筛选出符合特定标准的搜索结果，从而提高蛋白质组学研究的准确性和效率。