要删除软件运行痕迹，你可以按照以下步骤操作：

清理运行框中的痕迹

按下 `Win + R` 组合键，打开“运行”对话框。

在“运行”对话框中，输入 `regedit` 并按回车键，打开注册表编辑器。

导航到 `HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\RunMRU`。

在该路径下，你会看到最近的执行记录。选择每一个记录，并执行“编辑”->“删除”命令，将它们全部删除掉。

删除完毕后，重启计算机，运行框中的使用痕迹将被清理掉。

清理浏览器中的痕迹

定期清理浏览器缓存和Cookie，或者使用浏览器的隐私浏览模式，可以减少浏览器中存储的数据痕迹。

检查并清理系统级别的数据

卸载软件后，可能还会有一些系统级别的数据残留，如设置、缓存和登录信息。可以使用系统清理工具，如Windows优化大师或Advanced System Care，来清理这些残留文件。

使用第三方清理工具

CCleaner等第三方清理工具可以快速扫描出所有垃圾文件，并一键清除，包括软件安装后留下的痕迹。

强制卸载与应用程序管理

对于一些顽固的应用，可能需要进行强制卸载。在Android设备上，可以启用"开发者选项"，然后选择"卸载包"；在iPhone上，则需使用第三方清理工具。

数据擦除

如果想要彻底清除所有与应用相关的个人信息，包括云存储内容，可以进行数据擦除。例如，在iTunes中使用"备份与管理"里的"擦除备份数据"功能，或使用第三方清理工具如CCleaner。

检查并调整隐私设置

定期检查应用权限，确保没有应用程序在没有你的许可下访问个人信息，如联系人、位置等。

重新初始化手机

如果以上方法都无法彻底清除痕迹，你可以考虑重新初始化手机，即恢复出厂设置，然后重新安装需要的软件。

请注意，在清理注册表或进行其他高级操作时，务必小心谨慎，以免误删重要数据。建议在操作前备份重要数据，并确保了解每一步的操作内容。