开票软件年费的申报流程如下：

登录开票软件

打开开票软件，并输入企业税号和密码进行身份验证。

数据准备

确保所有发票数据已正确录入并保存。

进入税务申报模块

选择相应的税种和申报期限。

核对开票数据

核对开票数据与税务申报表中的数据是否一致。

填写申报表

根据实际情况填写纳税申报表。

提交申报表

检查申报表内容无误后，选择申报方式（如网上申报、邮寄申报等）并提交。

等待审核

税务机关接收申报并进行审核。

清卡操作 （如适用）：

金税盘一般会自动清卡，若自动清卡不成功，可手动操作远程清卡。

打印申报表

审核通过后，可打印申报表作为报税凭证。

关于开票系统年费的全额抵扣问题，根据相关税务政策，企业购买增值税税控系统专用设备支付的费用以及缴纳的技术维护费允许在增值税应纳税额中全额抵减。具体操作步骤如下：

记账

在开票软件中设置一个科目，将开票系统年费记入成本费用科目下，然后通过录入凭证的方式将费用记入账簿。

申报抵扣

在增值税申报报表中，填写“税控系统专用设备及维护费用抵减清单”，并在“应交税费--应交增值税”科目下增设“减免税款”专栏，用于记录该企业按规定抵减的增值税应纳税额。

建议企业在申报开票系统年费时，确保所有数据准确无误，并及时进行申报和抵扣，以充分利用相关税务优惠政策，降低企业税负。