《新世纪福音战士》手游下架的原因可能包括以下几点：

版权授权到期：

最早的一款《新世纪福音战士》手游因版权授权到期于2019年3月29日关闭服务器。

合作失败：

有消息称某次EVA联名活动因合作失败而暂时关闭。

运营终止：

另一款游戏《EVA Battlefields》因运营不善，于2023年7月27日终止营运。

关服整改：

也有游戏如《EVA：破晓》虽然未下架，但进行了关服整改。

综上所述，EVA手游下架的原因可能是多方面的，包括版权到期、合作失败、运营终止以及关服整改等。