《最终幻想：水晶编年史重制版》最终停运的原因是多方面的，主要包括以下几点：

游戏bug：

SE在官方博客中提到，游戏收到了用户无法为iOS版本购买附加内容的报告，该bug影响到了整个游戏版本，导致玩家无法购买关键的内购物品，如“主线故事”等。进一步调查显示，无法完全修复该bug，因此不太可能恢复游戏服务。

老代码库问题：

有推测认为，游戏大量使用了老代码库，导致新团队无法对其正常维护。再加上iOS系统的封闭性，最终导致团队无法修复这次iOS版的BUG，而其他平台则没有这个问题。

盈利问题：

手游下架停运的一个常见原因是游戏盈利能力差。无法从iOS版本获得收入，可能也是游戏最终从iOS下架并停运的主要原因之一。

市场变化：

情怀向的手游渐渐不再吃香，市场对于这类游戏的接受度有所下降。尽管《最终幻想》系列有着深厚的粉丝基础，但手游版并未能完全复制主机游戏的成功。

宣传和投入不足：

在游戏后期，SE没有再花钱在游戏的宣传上，给人一种任由它自生自灭的感觉。这导致很多玩家甚至都没听说过这款游戏，进一步加速了游戏的衰败。

平台适配性问题：

有玩家认为，游戏在操作上对于中低端的手机来说非常别扭，除非借助其他外设。这表明游戏在平台适配性上存在一定问题，影响了玩家的体验。

合规问题：

涉及付费和包含内购的游戏需要取得游戏备案号才能上架运营。如果游戏无法取得游戏版号，就会被下架。

综上所述，《最终幻想：水晶编年史重制版》的停运是多种因素共同作用的结果，包括游戏bug、技术维护难题、盈利问题、市场变化、宣传不足、平台适配性以及合规问题。这些因素共同导致了游戏的最终停运。