《胡桃日记》手游的停运主要是因为以下几个原因：

游戏热度不高和亏损：

腾讯在运营《胡桃日记》很长时间后，发现该游戏的热度不高，并且逐渐亏损。因此，腾讯决定停止该游戏的运营。

运营策略调整：

游戏的运营策略可能发生了调整，游戏可能因为无法再为工作室带来收益而被放弃。

服务器问题：

有观点认为游戏服务器可能出现了严重问题，导致更新暂停。

开发进展缓慢：

游戏的开发进展可能较为缓慢，可能由于时间与资金问题，项目进展不如预期。

独立运营：

在《胡桃日记》宣布停运后不久，制作人熊吉开始了游戏的独立运营，并将新生的《胡桃日记》命名为“胡桃日记·相伴初心”。

综上所述，《胡桃日记》手游的停运是由于游戏热度不高、亏损、运营策略调整、服务器问题以及开发进展缓慢等多方面的原因共同作用的结果。