手游CF宝箱可能由于以下原因消失：

游戏更新：

游戏更新后，物品存放方式发生了变化，宝箱被分成两个仓库，一个经典的一个荒岛的。如果玩家没有更新游戏，可能无法看到宝箱。

网络问题：

有时候网络问题可能导致宝箱没有及时转到个人仓库，可以尝试退出游戏后再重新进入。

系统问题：

有玩家反映可能是系统问题，挑战模式中获得的宝箱如果没有及时开启，可能会导致丢失。建议检查是否有其他人登录账号并使用了宝箱。

活动下架：

有时候游戏内的活动会下架，导致相关的宝箱无法获取。例如，幸运百宝箱活动和王者轮回活动都曾经下架过，相关宝箱自然也会消失。

BUG：

也有可能是游戏出现BUG，导致宝箱丢失。这种情况下，建议联系游戏官方或论坛反馈问题。

综上所述，手游CF宝箱消失的原因可能包括游戏更新、网络问题、系统问题、活动下架或BUG等。建议玩家及时更新游戏，检查网络连接，确认是否有其他人登录账号，并在遇到问题时及时联系游戏官方。