保护软件的思想可以通过以下几种方式：

著作权保护

著作权保护自作品完成之时自动产生，保护创意的表达，如程序代码和文档，但不保护创意本身。

著作权保护的对象包括计算机程序（源程序和目标程序）及相关文档，如程序设计说明书、流程图、用户手册等。

著作权登记可以提供法律效力证据，证明原创性。

专利保护

专利保护涉及计算机程序的发明，包括思想内容和创意，如程序设计方案、处理问题的方法、技术信息等。

专利保护具有独占性，审查难度大且周期较长，但能有效保护创新的技术方案。

申请发明专利时，可以通过说明书中的程序流程描述和主要流程图来保护设计思想，无需考虑具体编程语言。

商标权保护

商标权保护软件的名称和图标，作为软件的重要标识，起到识别软件来源的作用。

商标保护需要提前注册，具有独占性。

商业秘密保护

软件底层的程序代码和上层的设计思想可以当作商业秘密来保护。

企业应对技术秘密采取保密措施，防止泄露，否则可能难以追究泄密责任。

合同约束

与软件开发团队成员、合作伙伴等相关方签订书面合同，明确著作权的归属和使用条件。

教育和培训

对员工进行正版软件使用的教育和培训，防止使用未经授权的软件，减少盗版行为。

技术防护措施

定期检查计算机硬盘，确保所有程序为正版，对盗版行为进行纠正和处罚。

通过综合运用以上措施，可以在法律和技术层面有效地保护软件的思想和知识产权。建议企业根据自身情况，选择合适的保护方式，并在软件开发和市场推广过程中，始终保持警惕，防止知识产权被侵犯。