Maestro软件对接变构的步骤如下：

使用pymol可视化及预处理

从共晶体结构中选择一个已经结合有小分子的蛋白质口袋作为对接口袋。

进行去水、去小分子操作，并确定结合口袋中的几个典型氨基酸类型。

删除小分子，导出处理后的蛋白质结构，用于后续对接。

在Maestro中进行蛋白准备

载入处理后的蛋白质结构，可以通过File > Import Structures导入，并设置好工作路径以方便保存结果。

在Maestro中处理小分子

使用LigPrep模块对小分子进行准备，可以批量处理小分子，按照预先定义的规则过滤小分子，如分子量、手性中心、原子数目、基团等。

在Maestro中设置对接口袋

载入准备好的受体结构，并设置对接口袋，可以选择使用预先定义的口袋或手动定义对接区域。

执行分子对接

选择合适的算法和评分函数进行分子对接，Maestro集成了多种分子对接软件的功能，可以预测蛋白的对接口袋、准备蛋白受体、计算电荷、生成对接姿态等。

结果分析

对生成的对接姿态进行分析，确定最有可能的蛋白质复合物结构。

保存和导出结果

对接完成后，可以将结果保存为多种格式，如PDB、MAE等，以便后续分析和使用。

通过以上步骤，可以实现Maestro软件与变构蛋白的对接。建议在进行对接前，仔细检查和处理蛋白质结构，确保对接结果的准确性。