软件企业申请退税的流程如下：

提交退税申请及相关证明材料

企业需提交退税申请书及相关证明材料，如财务凭证、纳税申报表等。

税务机关审核

税务机关会对企业提交的材料进行审核，确认其符合退税政策要求。

填写退税申请表

审核通过后，企业需填写退税申请表，列明退税金额及其他相关信息。

税务机关复核

税务机关再次复核企业填写的退税申请表及相关材料。

办理退税

复核通过后，税务机关会将退税款项支付到企业指定账户。

此外，软件企业在申请退税时还需注意以下几点：

了解退税政策：

企业需了解国家关于软件企业退税的政策内容，确定是否符合申请条件。

准备申请材料：

根据政策要求准备相关材料，包括企业退税申请表、税务登记证、软件产品开发销售合同、财务报表等。

及时进行软件产品登记和认定：

在软件产品开发完成后，及时向税务部门申请软件产品登记和认定。

保留相关凭证和资料：

按照税法规定，将符合条件的软件销售收入进行会计核算，并保留相关凭证和资料。

在年度所得税汇算清缴时申报退税：

向税务部门申报退税，并提供必要的退税申请材料。

注意备案和大厅退税的流程：

对于首次涉足即征即退领域的软件产品，在电子税务局完成备案工作是首要环节。完成备案后，企业需按照规定的流程提交退税资料，并等待审核通过后获得退税。

规范开票和精准申报：

在开具发票时，确保软件产品名称与软件著作权登记证书上的名称一致，并在增值税纳税申报表中准确填写相关信息。

备齐材料并及时提交：

待税款顺利入库后，企业需准备并提交软件产品增值税即征即退材料，并按照税务机关的审核结果办理退税手续。

通过遵循上述步骤和注意事项，软件企业可以有效地进行退税操作，减轻税务负担。