公司组网限制软件的方法有多种，以下是一些常见的方法：

使用网络访问控制（NAC）

NAC技术允许网络管理员基于用户身份、设备安全状况等因素控制网络资源的访问权限。通过NAC，可以阻止不合规设备上特定软件的网络访问，从而间接禁止软件的使用。

使用组策略编辑器（Group Policy Editor）

对于Windows域环境，管理员可以通过组策略编辑器来制定并实施具体的策略，以阻止特定软件的运行。这包括设置软件限制策略，通过路径规则或哈希规则来标识不允许运行的程序，从而在内网的所有或指定的计算机上生效。

修改注册表

通过修改Windows注册表，可以达到禁止特定软件运行的目的。例如，通过在注册表中添加特定键值对，可以阻止某个程序的执行。但需要注意的是，修改注册表可能会对系统造成影响，请谨慎操作。

使用第三方软件管理工具

市面上有很多第三方软件管理工具，如“文控堡垒系统”、“域智盾”等，这些工具提供了更为直观和便捷的界面来实现软件的黑白名单管理。管理员可以根据需要，设定哪些软件允许运行，哪些软件禁止使用，甚至可以细化到控制软件的使用时间和带宽占用。

使用代理服务器

在公司内部搭建一个代理服务器上网，使用代理服务器上网的时候分别建账号给每个员工，设定密码，分别给每个员工的账号设置需要的权限，可以限定端口的也对于网站也可以通过关键字来过滤。

使用上网行为管理软件

公司可以使用一些上网行为管理软件，比如“网管家”或“AWall”，这些软件可以实时查看员工电脑屏幕，方便管理，并且可以设置限制某些网站或程序的访问。

使用防火墙

如果要做这种限制，你必须要用功能强大的路由器或者机械防火墙，然后进入路由器或者防火墙的功能设置里面，把不能访问的网站全部输入到禁止访问的栏目里。这样就某些网站就不能访问了。

根据公司的具体需求和环境，可以选择一种或多种方法结合使用，以实现最佳的软件限制效果。同时，建议在进行这些设置时，考虑到安全性和对员工工作的影响，确保不会对正常的工作流程造成过多的干扰。