软件企业在开具发票时，需要遵循以下步骤和注意事项：

注明软件产品名称及版本号

发票上必须注明软件产品的名称及版本号，并且这些信息必须与《计算机软件著作权登记证书》的相关内容一致。

分别列明软件和硬件部分的销售额

销售嵌入式软件产品时，应在发票备注栏分别注明软件部分和硬件部分的销售额。

对于随同计算机网络、计算机硬件、机器设备等一并销售的软件产品，应与这些非软件部分分开核算其销售额和进项税额，并在销售时单独开具软件收入部分的发票。如果不能单独开具软件收入部分发票，则在开具发票时按软件产品与计算机硬件、机器设备销售额合计填列，并在发票备注栏注明包括与登记证书一致的软件产品。

选择合适的发票类型

企业应根据自身纳税人身份（一般纳税人或小规模纳税人）选择合适的发票类型。一般纳税人建议选择增值税专用发票，以便进行进项税额的抵扣；小规模纳税人则可选择增值税普通发票。

填写发票信息

在购买软件产品后，需要将相关信息填写在发票上，包括购买方名称、购买方纳税人识别号、购买方地址电话、开户行及账号等。填写准确的发票信息对企业后续的税务申报和纳税负担具有重要意义。

了解税收政策

企业在开具发票时需要特别关注税收政策，了解不同类型软件的税收政策，以便正确开具发票并享受相关税收优惠。

保留好开具的发票

开具发票后，企业需要妥善保存好发票，将其纳入财务管理体系中，并严格遵守税收相关法律法规，做好发票的归档和备案工作。

申请软件发票的资质准备

申请软件发票前，企业需要提供公司税务登记证、组织机构代码证、办公场地租赁合同等相关资质文件，并确保这些文件经过审查合格。同时，需要做好税控设备的申领工作，包括税控盘或税控服务器。

使用税控设备开具发票

登录税控开票软件，输入税控盘/税控服务器密码，然后进行开票操作。填写开票信息，包括购买方纳税人识别号、购买方名称、金额等相关信息，确认信息无误后生成发票，并打印加盖企业公章。

发票申领与使用

税务机关审核通过后，纳税人可进行发票申领，并携带相关资质文件、税控设备及发票使用登记证明到税务机关办理发票领用手续。领用发票后，需要将发票信息录入到税控设备中，完成发票领用手续。使用发票时，需要留存相关票据和记录开票情况，以备日后查验。

通过以上步骤，软件企业可以确保发票的开具符合相关法规要求，并享受相应的税收优惠。