公司在面对软件侵权时，可以采取以下措施来应对：

发告知函或警告函

软件权利人会首先发出律师函或警告函，要求企业说明软件使用情况。企业收到此类函件时，应咨询律师，并在律师指导下核实和排查是否存在侵权行为。

行政投诉

如果企业被投诉，应咨询律师，并在律师指导下及时停止使用侵权软件，并保留相关证据。企业还可以考虑向知识产权行政管理机关投诉，追究行政责任。

法院起诉

在严重的情况下，企业可能面临软件权利人的起诉。此时，企业应咨询专业律师，积极应诉，可以考虑和解以降低赔偿金额。

选择正版软件或替代软件

企业应尽量使用免费的可替代软件，或通过正规渠道购买正版软件，并保留相关凭证。对于确有需求的付费软件，购买后需明确使用限制，避免超范围使用引发侵权。

区分员工个人使用行为

企业应明确要求员工不得使用侵权软件，尤其是在处理企业指派的工作时。员工私自使用侵权软件也可能使企业面临侵权风险。

选择软件托管服务

企业可以考虑将软件服务委托给第三方软件服务提供商，并签订托管服务合同，提前约定软件著作权纠纷责任，以降低侵权风险。

内部审核与自查

企业应对所有使用的软件进行自查，核实授权情况，及时卸载涉嫌侵权的软件，并进行内部整改。

积极沟通与和解

在收到警告函或面临诉讼时，企业应保持冷静，积极与对方沟通，争取合理的价格购买软件或达成和解，以减少赔偿金额。

组建专业法律团队

企业应组建包括熟悉知识产权法律的律师在内的专业法律团队，对案件进行全面分析，评估侵权情况和潜在风险，并制定应对策略。

收集与保存证据

企业应细致收集与案件相关的所有资料，包括开发过程文档、使用协议、用户反馈等，以证明软件的合法性及自身并未实施侵权行为。

通过以上措施，企业可以更有效地应对软件侵权风险，保护自身的合法权益。同时，企业也应加强内部管理，确保员工遵守相关法律法规，避免因个人行为导致侵权。