软件超税负退税的测算方法如下：

计算软件产品应纳增值税额

当月软件产品应纳增值税额 = 当月软件产品销项税额 - （当月软件产品进项税额 + 当月软件产品销售收入 / 当月全部销售收入 × 当月应分摊的进项税额）。

判断是否超过3%税负

当软件产品的税负超过3%时，按月计算应退增值税额。

当全部产品应纳增值税额为零时，不退税。

当软件产品应纳增值税额大于全部产品应纳增值税额时，应退增值税额 = 全部产品应纳增值税额 - 软件产品销售收入 × 3%。

当软件产品应纳增值税额小于等于全部产品应纳增值税额时，应退增值税额 = 软件产品应纳增值税额 - 软件产品销售收入 × 3%。

年度清算

计算全年应纳增值税额和软件产品应纳增值税额。

年应纳增值税额 = 年销项税额 - 年进项税额。

软件产品年应纳增值税额 = 软件产品年销项税额 - （软件产品年进项税额 + 软件产品年销售收入 / 全部产品年销售收入 × 年应分摊的进项税额）。

计算全年应退增值税额，方法同按月计算，只是公式对应项目为全年数据。

嵌入式软件的特殊要求

嵌入式软件产品销售额 = 嵌入式软件产品与计算机硬件、机器设备销售额合计 - （计算机硬件、机器设备成本 × （1 + 10%））。

嵌入式软件产品应分摊的进项税额 = 当期无法划分的全部进项税额 × 当期嵌入式软件产品销售额 ÷ 当期全部销售额。

填写退税计算表

企业在申请软件产品超税负退税时，需填写《软件产品增值税超税负退税计算表》，包括主营业务收入、增值税应税收入、软件产品总收入、可享受超税负退税软件销项税额、独立软件产品的进项税额、可享受超税负退税软件超税负退税额、已纳增值税税额、应退税额等项目。

审核与报送

将填写好的退税计算表及相关资料报送税务机关进行审核，审核通过后，税务机关将退还超出税负部分的增值税。

请注意，以上步骤和公式是基于现行政策进行的，具体操作时还需参照最新的税务法规和政策。