软件商城申请专利的流程如下：

确定专利类型

发明专利：针对产品、方法或其改进所提出的新的技术方案。

实用新型专利：针对产品的形状、构造或其结合所提出的适于实用的新的技术方案。

外观设计专利：针对软件产品的外观设计，要求具有新颖性和独创性。

进行专利检索

在申请专利之前，需要对相关领域进行专利检索，以确保自身的创新成果具有新颖性和创造性。可以通过国家知识产权局的官方网站进行在线检索，也可以委托专业的专利代理机构进行检索。

准备申请材料

根据所选专利类型，准备相应的申请材料。一般来说，申请软件专利需要提交以下材料：

请求书：包括申请人信息、发明名称、摘要等。

说明书：详细介绍发明的技术方案、实施方式等。

权利要求书：明确要求获得保护的专利权范围。

图纸：绘制发明的技术方案图样。

授权委托书：如有代理人代为申请，需提供授权委托书。

其他辅助材料：如优先权证明、翻译件等。

提交申请

将准备好的申请材料提交给国家知识产权局，等待审查员的审查。审查员会对申请材料进行形式审查和技术审查，以确保符合专利法的要求。在审查过程中，可能需要对申请材料进行修改和完善。

获得授权

如果申请材料通过审查，国家知识产权局将颁发专利证书，确认申请人的专利权。此时，申请人可以依法享有该专利所赋予的权力，如禁止他人侵权、许可他人使用等。

软件著作权申请 （如适用）：

在申请软件专利之前，还需要先准备好软件著作权申请表、设计说明书、源代码和该软件所属公司的营业执照副本并盖章等资料，将相关资料提交给版权局并支付相关费用，然后等待版权局的通知。

软件产品登记（如适用）：

在获得软件著作权证书后，还需要向公司当地的软件产品登记机构进行申请审核，提交相关资料并支付费用，等待审核通过后领取软件产品登记证书。

建议

咨询专业代理机构：

由于专利申请涉及复杂的法律和技术问题，建议咨询专业的专利代理机构，以确保申请过程顺利且符合相关法律法规。

保持沟通：在申请过程中，保持与国家知识产权局的沟通，及时了解审查进度和反馈信息，以便及时进行必要的修改和完善。

保护创新成果：通过申请专利，保护自身的创新成果，避免技术泄露和侵权风险。