软件服务合同的缴税方式如下：

印花税

税率：软件服务合同的印花税一般是合同金额的万分之三。当合同金额超过10万元时，税率则为2‰。

缴纳方式：

在线缴纳：可以通过国家税务局网站，利用网上银行或支付宝等方式实现在线缴税。

网点缴纳：前往国家税务局网点，通过缴纳税款的方式进行税款缴纳。

银行代扣：在签订软件服务合同时，可以要求银行代扣印花税。

时间要求：税务局对印花税的交纳有时间要求，一般需要在合同签订之日起30日内缴纳印花税。

增值税

征收范围：涵盖软件开发、信息系统集成、数据处理和存储等服务。

基本税率：在中国，增值税的基本税率通常为13%。但符合条件的软件企业可以享受即征即退的税收优惠政策。

企业所得税

计算与减免：企业所得税是软件开发与服务企业需要缴纳的重要税种，具体计算方式和减免政策需参照相关税法规定。

个人所得税

处理：软件开发与服务企业的员工在获得工资、奖金等收入时，需要缴纳个人所得税。个人所得税的计算方式较为复杂，涉及税率和扣除项。

建议：

在签订软件服务合同时，明确约定印花税的计算方式和缴纳方式，以确保按时足额缴纳税款。

了解并充分利用国家提供的税收优惠政策，降低企业税负。

保存好所有相关的税务文件，如印花税票据、发票和支付凭证等，以备税务部门查询和核验。