保护软件配置文件的方法主要包括以下几个方面：

存储位置

将配置文件存储在项目目录之外的专门配置目录中，避免意外提交到版本控制系统中，方便统一管理和访问。

使用外部配置目录，通过服务器或开发环境上的环境变量指向存储配置文件的目录，应用程序在运行时读取这个环境变量来加载外部的配置文件。

利用云配置服务（如Spring Cloud Config、AWS Parameter Store等）进行集中管理，提供版本控制和安全访问功能。

敏感信息加密

对包含敏感信息的配置文件进行加密处理，如数据库密码、API密钥等，即使配置文件被意外泄露，也能有效减少安全风险。

使用加密工具和库（如HashiCorp Vault、Jasypt等）来加密配置文件中的敏感信息。

在Spring Boot应用中，可以通过加密和解密配置文件中的敏感信息来保护这些数据，例如使用Jasypt库。

环境隔离

为不同的运行环境（如开发、测试、生产）维护独立的配置文件，通过环境变量来选择使用哪个配置文件，实现环境的隔离，避免环境间的配置冲突，确保每个环境的安全和稳定。

使用配置管理工具

使用配置管理工具（如Spring Cloud Config、Consul、Etcd等）进行集中管理，提供版本控制、访问控制和配置更新的功能，使得配置管理更加高效和安全。

权限设置

确保配置文件的权限设置正确，仅允许必要的用户或进程访问，避免不必要的权限扩展和文件上传功能，减少潜在的安全漏洞。

定期更新和维护

定期更新和维护配置文件，确保配置信息是最新的，并且及时修补可能的安全漏洞。

文件隐私保护

设置隐藏文件或只读属性，防止文件被意外修改或删除。

对文件进行加密保护，如使用Office自带的加密功能或第三方加密工具。

通过上述方法，可以有效地保护软件配置文件的安全性，防止敏感信息泄露，并确保配置文件在多个环境中的正确使用和管理。