在开票软件系统中开具红字发票的流程如下：

登录开票系统

企业需要登录开票系统，选择要申请红字发票的销售发票。

选择开票类型

在选定销售发票后，企业需要在开票系统中选择开票类型，即选择“申请红字发票”。

填写红字发票信息

填写红字发票信息时，企业需要填写红票发票号码、红票发票代码、原发票代码、原发票号码等相关信息。

上传相关证明

企业需要上传相关证明材料，如红字发票申请表、开票人与收款人的对账单等证明材料。

提交申请

在填写完所有必要信息后，企业需要提交红字发票申请，开票系统将会进行审核，审核通过后，企业可以在开票系统中查看红字发票的相关信息。

开具红字发票

审核通过后，企业可以在开票系统中进行红字发票的填开。具体操作步骤可能因软件版本不同而有所差异，但大致包括选择“负数”按钮，导入已审核过的红字信息表，然后确认信息无误后打印出纸质红字发票。

注意事项

不同发票类型冲红流程可能有所不同，具体操作请参照相关税务规定和软件操作指南。

建议：

在操作过程中，务必确保所有信息的准确无误，以免影响红字发票的开具。

如果遇到操作问题，建议咨询所属税务局或开票软件的技术支持人员。