当收到软件侵权的邮件时，回复客户应当遵循以下步骤：

保持冷静并仔细阅读

仔细阅读邮件内容，明确侵权的具体指控和相关要求。

评估自身情况

检查公司或个人的软件使用行为，确定是否存在侵权行为。如果确实存在侵权，应立即停止使用侵权软件，并采取措施删除或停用相关软件。

与函件发送方联系

通过邮件中提供的联系方式与发送方取得联系，了解其具体诉求和协商解决方案。在沟通中，应保持诚实和合作的态度，避免进一步的纠纷。

寻求法律意见

如果对侵权行为的认定或应对措施存在疑问，应及时寻求专业的法律意见。律师可以根据具体情况提供准确的法律建议和指导，帮助制定合理的应对策略。

采取补救措施

根据法律意见和协商结果，采取相应的补救措施，如支付赔偿金、签署许可协议等。同时，应建立健全的知识产权管理制度，避免类似侵权行为的再次发生。

礼貌和专业的回复

在回复邮件时，以礼貌和专业的态度对待，避免使用任何可能引发冲突或不恰当的语言。

客观分析和解释

对侵权行为进行客观的分析和解释，说明公司对于知识产权的重视以及在日常运营中所采取的措施。

提出解决方案

提出解决方案，如立即停止侵权行为、对已造成的损失进行赔偿等，并承诺将加强内部管理，防止类似情况的再次发生。

提供证据和事实

若认为自身不存在侵权行为，应在回复中详细说明理由，提供相关的证据和事实，以证明自己的行为合法。

及时沟通和协商

根据邮件中的要求，及时与对方进行沟通和协商，探讨解决方案，如达成和解协议、支付合理的赔偿等，以避免进一步的法律纠纷。

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主题：关于软件侵权的回复

尊敬的 [发送方名称]：

我们十分重视贵方所提及的侵权事宜，已认真阅读了告知函的内容。对于贵方所指控的侵权行为，我们深感遗憾，并对此表示诚挚的歉意。

经过仔细检查，我们发现 [具体侵权行为的描述]。我们承认，此次事件可能是由于我们的疏忽导致的个别情况。我们一直致力于维护自身的知识产权，在产品研发和生产过程中，都有严格的知识产权审查机制。

为了解决这个问题，我们将立即采取措施，停止相关侵权行为，并愿意与贵方协商赔偿事宜。同时，我们承诺将加强内部管理，防止类似情况的再次发生。

我们已经准备好相关的证据和文件，以便进一步沟通和协商。请贵方告知我们贵方的具体诉求和期望的解决方案，我们将尽力配合。

再次对贵方所提及的侵权事宜表示歉意，并期待与贵方的进一步沟通。

此致

敬礼!

[您的姓名]

[您的职位]

[公司名称]

[联系方式]

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请根据实际情况调整邮件内容，确保回复的准确性和专业性。