软件企业的收费方式通常有以下几种：

按用户数量收费：

企业根据员工人数支付一定费用，每增加一个新用户，费用会相应增长。这种方式适用于用户数量相对稳定的企业，可以灵活调整使用量。

按功能模块收费：

某些软件允许企业根据所需功能模块进行付费，适用于业务复杂、需要多种不同功能模块的企业。每个功能模块单独计费，企业可以根据实际需求选择购买特定的功能模块。

按使用时长收费（订阅制）：

类似于云服务，企业按使用时长支付费用，可以灵活调整使用量。这种方式适合需要短期使用或资金流动性较差的企业。

一次性买断收费：

企业支付一笔固定费用以获得软件的永久使用权。这种方式适合资金充裕且需求相对稳定的企业。

定制化服务收费：

根据企业的特定需求提供定制服务，费用根据定制内容而定。这种方式通常适用于对软件功能有明确要求的企业，能够有效地降低开发风险，提高开发效率。

按项目收费：

尤其在定制开发中，客户会根据具体需求和项目复杂度与开发公司协商确定价格。客户通常需要支付一定比例的预付款，以确保开发公司有足够的资金进行资源配置。这种方式能够帮助企业对开发成本进行有效控制。

按服务等级收费：

有些软件提供不同服务等级，每个等级对应不同的服务内容和费用。企业可以根据自身需求选择合适的服务等级。

其他杂费：

包括工商登记费用、刻章费用、银行开户费用、代理记账服务费、税务咨询费等。这些费用会根据企业选择的服务内容有所不同。

建议

企业在选择软件收费方式时，应综合考虑自身的业务需求、资金状况、使用习惯以及长期发展规划。例如，对于用户数量稳定且需求复杂的企业，按用户数量或功能模块收费可能更为合适；而对于资金充裕且需求相对稳定的企业，一次性买断或订阅制可能更为经济。同时，企业还应关注软件提供商的信誉和服务质量，以确保软件的稳定运行和后续维护。