定制软件的保护措施包括以下几个方面：

安全需求分析与规划：

在软件开发初期，进行安全需求分析和规划，明确软件的安全性要求，并在需求文档中详细说明相关的安全功能和保护措施。

数据分类与加密：

对重要数据和敏感信息进行分类，并采用适当的加密措施，以防止数据被未授权访问和窃取。

访问控制与身份验证：

建立严格的访问控制和身份验证机制，采用双因素认证、单点登录等技术增加访问的安全性。

安全代码开发：

遵循安全代码开发标准和最佳实践，防范常见的安全漏洞，如跨站脚本攻击（XSS）、SQL注入等。

持续安全审计：

定期进行安全审计和漏洞扫描，及时修复已知的安全问题，保持软件的持续安全性。

网络安全防护：

采用防火墙、入侵检测系统、网络隔离等技术保护定制软件免受网络攻击。

数据备份与恢复：

定期备份数据，以防数据丢失。

知识产权保障：

明确知识产权归属，签订保密协议，申请专利，以保护企业的商业秘密和创新成果。

合同约束：

与合作方签订明确的合同，规定双方的权利和义务，特别是关于知识产权的归属和分配。

员工培训：

定期对员工进行知识产权方面的培训，提高他们的保护意识。

合规性：

确保定制软件符合行业相关的合规标准，如PCI DSS、HIPAA等。

技术保障：

使用SSL/TLS加密技术保护数据传输，对敏感数据进行加密存储，实施严格的访问控制。

持续更新：

及时更新软件，修复安全漏洞，关注最新的安全动态。

用户教育：

提高用户的安全意识，教育用户如何保护自己的数据安全。

通过上述措施，可以有效地保护定制软件的安全性和数据的保密性，降低潜在的风险。