软件合同的结算费用通常遵循以下步骤和原则：

预付款支付

合同签订后，买方通常需要支付一定比例的预付款给卖方。例如，合同签订后七个工作日内支付预付款人民币X元整。

进度款支付

项目实施后，按照约定的付款周期（如每三个月）进行结算。每个付款周期结束后，卖方需提交进度报告，买方根据报告支付相应比例的进度款。

验收款支付

项目正式验收合格后，买方需支付剩余的款项。例如，项目正式验收合格后支付剩余款项人民币X元整。

验收结果通知

卖方在项目完成后需向买方提交完整的项目资料，并通知买方进行验收。验收合格后，买方应按照合同约定的付款方式支付合同价款。

违约金和滞纳金

如一方未能按合同约定履行义务，另一方有权要求支付违约金或滞纳金。例如，乙方未能按时交付项目资料，需支付违约金。

价格调整

若合同采用可调价格方式，实际费用与暂估价格存在差异时，双方应协商一致并签订补充协议后进行调整。

结算申请和支付

卖方应根据实际完成的服务内容、服务质量和时间节点计算结算金额，并提前向买方提交结算申请。买方在收到结算申请后，应在规定时间内（如五个工作日）完成支付。

分期拨款

对于大型项目，买方可能采取分期拨款的方式，根据项目进度分阶段支付经费。

保密条款

合同中通常会包含保密条款，要求双方对技术秘密、市场信息等予以严格保密，直至合同终止或履行完毕。

这些步骤和原则确保了软件合同费用结算的透明、公平和合理，有助于双方建立良好的合作关系。建议在签订合同时，双方应详细讨论并明确各项条款，以避免后续纠纷。