WGCNA是一款 基于R语言的加权关联网络分析软件，用于实现基因表达变化与表型差异的关联，从而挖掘在表型变化过程中发挥关键作用的核心基因或基因模块（module）。WGCNA在构建基因共表达网络的过程中添加表型权重参数，并使用无尺度聚类和动态剪切树。该软件包包括网络构建、模块检测、基因选择、拓扑性质计算、数据仿真、可视化以及与外部软件的接口等功能。

WGCNA的分析流程通常分为三个主要步骤：模块划分、核心模块选择和核心基因分析。通过这些步骤，WGCNA能够将大量基因根据其表达模式划分到模块中，并以模块为单位进行分析，从而减少计算量并提高分析的准确性，特别适合大样本的数据分析。

WGCNA广泛应用于基因相关网络分析，能够帮助生物学家了解系统中所有基因的转录组范围关系，识别表现出相关性的特征集群（模块），并评估不同集群之间的关系。此外，WGCNA还提供了模块与外部性状之间关联的数据，例如记录的样本表型。

综上所述，WGCNA是一款功能强大的基因共表达网络分析工具，适用于大规模数据集的分析，能够帮助研究人员发现关键的基因模块和基因与表型之间的关联。