通用会计软件的主要缺点包括：

软件针对性不强：

通用会计软件通常针对一般用户设计，难以适应企业特殊的业务或流程。如果企业有较为特殊的业务或流程，通用软件可能没有对应的功能模块，或者即便有对应的功能模块，也可能难以适应企业自身的处理流程或方式。

功能设置复杂：

为了体现通用性，通用会计软件的功能设置往往过于复杂，包含较多的业务处理方法和参数配置选项。业务流程简单的企业可能感到通用会计软件过于复杂，不易操作。

成本问题：

虽然通用会计软件的购置成本相对较低，但企业可能需要投入大量资源进行软件的初始化设置和配置，以使其符合自身的核算和管理需求。

计算机资源浪费：

通用会计软件可能需要更多的计算机资源来运行，尤其是在处理大量数据时，可能会导致资源浪费。

安全可靠性：

虽然通用会计软件的性能稳定、质量可靠，但用户只能执行软件功能，不能访问和修改源程序，这可能会影响系统的安全性和灵活性。

维护升级问题：

虽然软件的维护和升级由软件公司负责，但企业可能仍需要投入时间和资源来配合软件的维护和升级工作。

专业性差：

通用会计软件的专业性相对较差，可能无法满足某些特定行业或单位的特殊需求。

综上所述，企业在选择通用会计软件时，应充分考虑其针对性和适应性，以确保软件能够满足企业的实际需求。同时，企业也需要评估自身的计算机资源和维护能力，以确保能够充分利用软件的功能并降低潜在的风险。