南通大学使用的上课软件包括以下几种：

慕课：

一种网络教学平台，提供大量的在线课程，教师可以通过慕课平台进行授课。

课堂派：

一种网络教学工具，支持教师上传教学资源、布置作业、进行在线讨论等。

视频会议：

通过视频会议软件进行实时在线教学，教师和学生可以通过视频会议进行互动交流。

南通大学-教学综合信息服务平台：

提供学生成绩录入、成绩修改、个人课表查询、教学质量评价查询等功能。

建议教师和学生根据具体课程需求选择合适的软件进行教学和学习。